Пример настройки с использованием маршрутизатора:

R1:

R1(config)# interface fastethernet 0/0
R1(config-if)# no ip address
R1(config-if)# no shutdown

R1(config)# interface fastethernet 0/0.2
R1(config-if)# encapsulation dot1q 2
R1(config-if)# ip address 172.16.1.1 255.255.255.0

R1(config)# interface fastethernet 0/0.3
R1(config-if)# encapsulation dot1q 3
R1(config-if)# ip address 172.16.2.1 255.255.255.0

R1# copy running-config startup-config

S0:
S0(config)# vtp domain cisco

S0(config)# vlan 2
S0(config)# vlan 3

S0(config)# interface range fastethernet 0/1-3
S0(config-if)# switchport mode trunk

S0# copy running-config startup-config

Пример настройки с использованием коммутатора 3 уровня:

MS0:
MS0(config)# vtp domain cisco

MS0(config)# vlan 2
MS0(config)# vlan 3

MS0(config)# ip routing

MS0(config)# interface range fastethernet 0/1-2
MS0(config-if)# switchport trunk encapsulation dot1q
MS0(config-if)# switchport mode trunk

MS0(config)# interface vlan 2
MS0(config-if)# ip address 172.16.1.1 255.255.255.0

MS0(config)# interface vlan 3
MS0(config-if)# ip address 172.16.2.1 255.255.255.0

MS0# copy running-config startup-config

Пример настройки коммутаторов 2 уровня (одинаковая для обоих топологий):

S-1-2-3-4:

S(config)# interface range fastethernet 0/1
S(config-if)# switchport mode trunk

S(config)# interface range fastethernet 0/2
S(config-if)# switchport mode access
S(config-if)# switchport access vlan 2

S(config)# interface range fastethernet 0/2
S(config-if)# switchport mode access
S(config-if)# switchport access vlan 3

S# copy running-config startup-config

Проверяем конфигурацию:

PS Если мы создаем на роутере субинтерфейс для native vlan, то это нужно указать в настройке интерфейса
пример: R1(config-if)# encapsulation dot1q 2 native

http://blog.evgenybelkin.ru/2010/12/inter-vlan-routing.html