Для этого используется системная хранимая процедура xp_cmdshell. Запуск этой процедуры по умолчанию запрещен. Чтобы включить эту возможность нужно выполнить следующий код:
-- Включение разрешения изменения расширенных опций.
EXEC sp_configure 'show advanced options', 1
GO
-- Обновление текущих настроек расширенных опций.
RECONFIGURE
GO
-- Включение возможности запуска внешних программ.
EXEC sp_configure 'xp_cmdshell', 1
GO
-- Обновление текущих настроек для запуска внешних программ.
RECONFIGURE
GO
Для запуска bat-файла :
EXEC master..xp_cmdshell ‘c:test.bat’
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa260689(SQL.80).aspx